El 03 de agosto de 1971, a sus 51 años, y siendo rector del seminario, el Obispo Emérito, Monseñor Francisco Villalobos recibió del Papa Pablo VI la orden consagratoria, siendo en aquel entonces obispo, Luis Guízar Barragán en la Catedral de Santiago, para que fuera obispo auxiliar de Saltillo.
En distintas ocasiones él mismo relató entre sus memorias, que no le animaba mucho aceptar la nueva encomienda, sin embargo, el cardenal José Salazar lo motivó a hacerlo. Cuatro años mas tarde, fue nombrado obispo titular. 
Cabe hacer mención, que de los 72 años de su ministerio sacerdotal, durante 22 años estuvo en la Diócesis de Guadalajara, de donde era originario, realizando su ejercicio pastoral
Hasta este 3 de febrero radicó en la ciudad de Saltillo, es decir 49 años se dedicó a la labor pastoral en la capital de Coahuila: cuatro como obispo auxiliar, 25 y medio al frente de la Diócesis y 20 desde la aceptación de su renuncia por parte del Vaticano.
Don Francisco ostenta ser el obispo más longevo del país, sus 101 años de vida le han permitido servir a otros a través de su ministerio. El ingresó al seminario sin haber cumplido los 18 años, en tiempos de la persecución religiosa en el país; sobresaliente en estudios, posteriormente fue enviado a estudiar a Roma y el 14 de abril de 1946, en Guadalajara, recibió la tonsura, el 18 del mismo mes las Órdenes Menores de ostiario y lectorado, y el 20 el Acolitado y el Exorcistado.
Luego, en Roma, Italia recibió el Subdiaconado el 27 de marzo de 1948 y el 18 de diciembre de 1948 recibió el Diaconado, siendo finalmente ordenado presbítero por el Papa Pío doce el 02 de abril de 1949.
Conforme paso el tiempo, fue recorriendo y conociendo todas las parroquias, y cada seis meses visitaba durante una quincena cada una de las vicarías y regiones de la Diócesis, su labor se caracterizó en lograr la corresponsabilidad de todos los presbíteros, laicos y religiosos. Durante su episcopado el número de sacerdotes creció llegando a un total de 103 para la Diócesis y algunos religiosos.
Durante su periodo de obispado, se crearon Caritas y el Banco de Alimentos, también tuvo gran interés por apoyar a los migrantes, posteriormente el crecimiento de la población hizo necesaria la creación de más parroquias, cuando se hizo cargo de la diócesis, en Saltillo había solamente cuatro, para 1999 logró la construcción de 27 y al final de su mandato se crearon 36 nuevas parroquias, además, cimentó las bases para la creación de la Diócesis de Piedras Negras, y fundó el Seminario Auxiliar de aquella ciudad.
El 26 de julio de 1996 celebró solemnemente sus Bodas de Plata Episcopales, y el 31 de diciembre de 1999, el Papa Juan Pablo II le aceptó la renuncia, siendo posteriormente nombrado, por el Consejo de Consultores de la Diócesis de Saltillo, Administrador Apostólico Diocesano, y el 20 de marzo del 2000 le entregó la posesión de la Diócesis a fray Raúl Vera López, siendo desde entonces obispo emérito de Saltillo.
Monseñor Francisco Raúl Villalobos Padilla, obispo emérito de la Diócesis de Saltillo, falleció la noche del 3 de febrero en un hospital privado ubicado al norte de la capital de Coahuila, a la edad de 101 años.
El 27 de enero se confirmó que dio positivo a COVID-19, causa que, por disposición médica, obligó a su hospitalización este jueves a temprana hora para recibir atención especializada, dado que se complicó su estado de salud.
La Diócesis había informado que la noche anterior, miércoles 2 de febrero, el prelado tuvo dificultades para seguir indicaciones, y que su condición estaba siendo monitoreada las 24 horas del día, si bien no presentaba síntomas del contagio.
Incluso días atrás se informó que sus niveles de oxigenación eran más que aceptables y que se encontraba de buen humor.
No obstante, la Diócesis de Saltillo había solicitado a la feligresía orar por la recuperación del sacerdote, mismo que había cumplido 101 años de vida el 1 de febrero, bajo resguardo domiciliario.
Es por ello por lo que se realizaría una misa de acción de gracias el próximo sábado 5 del mes en curso, a las 12:00 horas, y que en su momento tuvo que ser aplazada a consecuencia de su confinamiento por Covid-19.
La celebración eucarística iba a ser transmitida mediante la página de Facebook Diócesis de Saltillo.
FRASE
“Celebraré misa hasta el último día de vida; estoy preparándome sobre todo en la oración para tratar de encomendarme a Dios a fin de que me asista, me ilumine y me ayude a reconocer lo que a lo largo de cincuenta años, Dios me ha permitido obrar con su gracia”
Don Francisco Villalobos Padilla, Obispo Emérito de Saltillo
Descanse en Paz
